Le Président indonésien est le Commandant en Chef des Forces armées indonésiennes. Le Ministère de la Défense et Sécurité est sous la responsabilité du Président. Le Cabinet de Défense, dirigé par le Ministère de la Défense et Sécurit, est responsable de formuler toutes les règles de défense. Les Forces Armées indonésiennes incluent les forces terrestres, maritimes et aériennes. Les Forces Armées indonésiennes se composent de 387.000 militaires. Il existe également une fore paramilitaire composée de 190.000 policiers et 12.000 membres de la Brigade Mobile de Police.
Les forces terrestres de l’armée indonésienne se composent d’environ 298.000 militaires, et une force de réserve de 35.000 soldats avec la structure :
11 régions militaires de commandement, 1 brigade de cavalerie blindée, 4 brigades d’infanterie, 3 brigades aéroportées, 1 brigade para/commando, 2 régiments d’artillerie, 2 bataillons de génie, 1 régiment de défense antiaérienne.
Dix régions de commandement avec : 60 bataillons d’infanterie indépendants, 10 bataillons blindés indépendants, 8 bataillons d’artillerie indépendants, 9 bataillons de défense antiaérienne indépendants,8 bataillons de génie, 8 bataillons cavalerie de reconnaissance.
Commandement des Forces Spéciales avec 5 groupes : 1 groupe d’entraînement, 1 groupe anti-terroriste, 2 groupes para commando, 1 groupe de guerre électronique. Chaque groupe correspond à un échelon bataillon.